"Darker than black" raconte l'histoire du jeune Hei,un Contractant.Les contractants sont des etres humains dotés de pouvoir ,apparus pour la premiere fois il y a 10 ans,en meme temps que la Hell's Gate.Celle-ci devaste le paysage et obscursit le ciel.Des murs gigantesques ont été placés a la frontière de la Hell's Gate afin que personne n'y pénètre.

Chaque Contractant a un pouvoir different,et travaille soit pour la police soit en tant qu'assassin.Mais en echange de ces pouvoirs,ils doivent faire un paiement(tres simple pourtant) sous peine de mort tel que fumer,manger une fleur,plier tout les coins de page d'un livre,etc..Hei maitrise l'électricité,et travaille pour une organisation secrete.On ne sait pas grand chose de lui,si ce n'est qu'il collabore avec Yin,une Doll(personne sans emotions ni personnalité),Mao,un Contractant qui peut transférer son esprit dans celui d'un animal,bien qu'il soit prisonnier du corps d'un chat et Huang un simple humain.Il collabore avec eux afin de retrouver sa petite soeur disparue.Ce qui ne sera pas de tout repos ,car Misaki est une jeune policière qui traque les contractants,et particulièrement BK-201 (le nom de code donné a Hei par la police).Misaki semble avoir des sentiments inavoués pour ce dernier...